[2020/07/20]Xampp 7.48でも同様の症状が出ます。解決策は同じです。
健忘禄的なメモです。
環境:Windows 10 Pro 2004@ThinkPad E480
必要に迫られてXamppをインストールしました。
最新版の不具合なのかもしれませんが、Xamppを起動して設定を変えようとするとこんなエラーが出ました。
更にこの状態でXamppコントロールパネルを終了させると……
あらやだこわい。
1枚目の画像は、見ての通りxampp-control.iniに適切な権限（この場合は書き込み権限）が無いために発生します。2枚目は恐らくそれに起因するエラーでしょうか。
解決策
書き込み権限をあげましょう。
具体的には、xampp-control.iniのプロパティ→セキュリティタブからEveryoneグループに書き込み権限を追加します。
たったこれだけで解消します。Everyoneグループに権限追加するのは怖い気もしますが、どうせローカル開発ですし、面倒くさいのでこれで解決としました。